Promoter sequence

[ifhmn]

I have tried search the promoter sequence of the gene, but I couldn't understand the result output. Some of the website didn;t give me the result. Here, I put my CD, gDNA and 5000 bp upstream sequences from the transcription site of my gene in tomato plant.
>ARR3_Solyc06g048930.2.1
1) CD

ATGGATTTTT ATTCTTCTTC ATCTTCAACA ATTTCTGCTC AGGAAGAACC TCATGTTCTA GCTGTTGATG
ACAACCTTAT TGATCGAAAA CTTGTCGAAA AATTACTCAA AAAATCATCT TGTAAAGTGA CTACTGCAGA
AAATGGTCTA AGGGCGTTGG AGTACTTGGG ATTAGGAGCT AATCAGGAGA ACTCTACAAA TAACAATGGT
TCAAAGGTTA ATATGATAAT AACAGATTAT TGCATGCCAG GAATGACTGG TTATGAATTG CTTAAGAAAA
TCAAGGAATC GTCGATATTG AAAGATGTAC CAGTTGTTAT TATGTCATCT GAGAATATCC CAACTCGAAT
TGATCAATGC ATGGAAGAAG GGGCTCAGAT GTTCATGTTG AAGCCTCTAA AGCACTCAGA TGTGAAGAGG
TTACGATGTC AACTCATGCA ATGCTAA

2) gDNA
ATGGATTTTTATTCTTCTTCATCTTCAACAATTTCTGCTCAGGAAGAACCTCATGTTCTAGCTGTTGATGACAACCTTAT
TGATCGAAAACTTGTCGAAAAATTACTCAAAAAATCATCTTGTAAAGGTAGTATATATTTTTATTTATTCACATTTTCTC
TTGTTAATATTTGACAACACATGTGATCACAATGTATAATATATGTTTCAATTGCTCTATCATATATTCCCCATCATATA
TGTTTCTCAAGTATGACATTATACATGCAAGAAAATCCTCCCACAAATTGATACAACATACCAAGAAGAAAATGCATACT
TATACAAATTAATTAAATATACATACTTATGTTAAGTTGACAGCGTTTTTAGCATGAGTTTTTTCACTATTCTATTTGTT
TTATACACTAACTTCTCATTATTCTTTACTTAACATTCTATTCAAACACACTCTATCATTATAAGATAGGATAAGACTAT
GTATACATCATTTGTACGTTTTTATTTGATATTGTTATCACACAGGAGTAATACTCTTTCTTTTCTTTTTTACTTGTCAA
ATTTTATTTTGACACGTGTATCAGATAAATAATTATTGATTCAGTAAATTTATTATTTTATATTTATTAATTGATAAAGT
ATTAAATATATTTTCTCACTATATTTTGCAAAAATATTAACTCAATATTAATAAATGAAAGACTTAAAAGAAAAAGAAAA
AAAAATGTTTTGCCTTAATTTGTCAAAAAATAACAAAAATAAAAATTAGAAAACATTGACAAGTAAATAAAAATAGAAAT
AATAAAGTTGAAGATTCACCGATTCAAATTTTGGATCTTCATAACATCGCTTTCTCTCCCTCTTATTTCCTTAAAGGAAT
GGTAATTAAAGAAAATTTAAAATAAAAGAAGAGTTTAATTATGGGGGAAAAGAATAAACGTGTAGGAAAAGTAAATAAAT
GATACCGATTTATATGACTTTTCGATATGTTAAAACTTTTTATGAATACGTGATCACACTGCTTCCTTCGTATCTTTTCG
AATCCTTTGATGCAGACTTTTACTCTCATTTTATGTCATTCTCTTTTTTTTTTCCTTCCAAAAATAAAAAAAAATTCCTT
CTGGATGCCATTATTTATTAGTATCATATAGGAAAATAATTTCATCCTAACTAGCTCTAGGTATGGCCACAAATTAATAC
CGTGATTCATCTGTATTCAGTAAAGAGAATTTTATTTTATTTCAGACAAAAGACGAATTCATAATTTAAATATTATATTA
ATATTATTTCAATTTAGGCTTTATCGAAACTTTCAGTGACAATTAACATATAACATTTTATTCGATTGTATCAGTAGTAC
CAAGTGCACGTGCTGATGTGTACCCTACATATACATGTGGATCCGCCTCTGACTTAACTAAATTAATACCATTAGTATTT
TTTGAATTGTTTTTTTTGCTATTTCTAGTTTTCTATATTAGTCGGGCTAATCTCGTCAAAATATGATTATTAGATGAAAA
TTGGATTAGTTTCTAAAATTAGTGAGTTGGCTTTAGTGACTACTGCAGAAAATGGTCTAAGGGCGTTGGAGTACTTGGGA
TTAGGAGCTAATCAGGAGAACTCTACAAATAACAATGTAATTATTTCTTTAATTAAACAGTTCTTTCTTCAAGGGATGTT
ATTAGTATTAATTAATGTTTATGATTTTCCTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTTTATTTCAACAGGGTTCAAAGGTTAATATG
ATAATAACAGATTATTGCATGCCAGGAATGACTGGTTATGAATTGCTTAAGAAAATCAAGGTATATTATTAGTTTTTAGT
TAATAGTTCAAAAAATTCTATGGGAGAAATTAAAATGTTGTTTAATTAGTTGAATGAAATGCAAGCAGGAATCGTCGATA
TTGAAAGATGTACCAGTTGTTATTATGTCATCTGAGAATATCCCAACTCGAATTGATCAGTAAGTTTATATCATCGATGA
CTAGTTGAGTTTTGAACAAAGTTATGATAGGTAAGTAATCAAATAAATAACTCAAATTTTTTGAAATGAACAGATGCATG
GAAGAAGGGGCTCAGATGTTCATGTTGAAGCCTCTAAAGCACTCAGATGTGAAGAGGTTACGATGTCAACTCATGCAATG
CTAATTAATGAGAAATATTTTGTATTCAAAGTCTTATGTGTAATTTTGTTGTGTTGGGTGCTAATTACTAGTTTTTCAAA
GTCAGACTACTGTTATAGCTATTTAATATTAAAGGATAGTCTGTATGTGAAAAAAAATGTTTATATTAAACTGTTGGAAT
TTG

3) 5000bp upstream
TAATTACGCATTCAGTTATTTTAAGGTCTTTCGTTATATATTTTAGTTAATATTTTTTCTGTTTAAAAAAGAATCATTTAATT
TGACTTGAAATGAAATTTAAGAAAAGAAAGAAAATATTTTAATCATGTGATACTAAATTAAAGTTATGTCAAATGTATCAAAA
TATTTTTTAATTTTGTGTCCTTAAACATGTCAAGTGGGAAATTGAAAATTAACGTTATCAAAAAAAAGAAAGAAATCATTCTT
TCTAAAACAAACTAAAAAAATTGTATCATTCTTTTTAAAACGAAGAGAGTACTGATTATGCTAGTTTTATAAAGAATGAATCA
ACCCCACCCAAAAAAAAATTTAGTTTCATATTCAAATTATACTTACCCTACCTCTTTCTTAAATTATAATTTTAGATGATAAAC
TACATACTCATTATTTTTGTTATTTTAATTTATACGATTTTTTTTTTAATTTATTCCAAAAATATCTGGTTTATATATTTATTA
TAACAATAATTTAAAATATTAATTTTCTTCTTAATGAATTAATTTTAATAACATAAATATCTATTATTTATTTTAAAACAAAAA
AAAATATCTTAAATTTTGTGTAAAATTAATAAGTACGTTGACCCTCCCAAGTGGGAGTTTTGTGATTGGGATTCTTTCTTATC
GCTTAGAATGGATTTGATGTTGTAGGCACGTTAGTCCCTATATTACTTGGAACTTTGTGCAATTTGGTACGAGAAAATCTATC
GAAAAATAGCAAAGATTTATTTTCGTCAAATTCAAAGATTATGAACTTTAAACACATCTTTCATTGCTTTGAAATTCGGATCAT
CTTTTTTTTTTTTTGCAAGGATGATGCAAAATAATTCTTTTCTCTTTTTTTTTAATCTAAATTAAATATTCTCTTTGTTTTATTT
TATGTGATATTTTTTAAGTTTCAAAATAAATATTTCATCGATTTTTTATGTATTTTGAATTATCAAAAATTGTGACCTGTAGTAC
TTTATTTCATTTCAAAAAAATTAAAATTTCATGCGCGAATTTTCAATCAAACTTAAATCGTTTAACTCTCGAAAAATGAAAAATGT
CATATAAAAGGATAGAGGGAGTATTGATTTTAATTAAAATTGATTTTCTAAATAGATTTCTATTTGATTTTGGTTCGATTTGAAT
TTAAATTTTTAAAAATTAATGATATTTAATTTGATTTGATTCTAGTAAAACCAAACTGATAAAAGATTTAAACAAAATTATAGAAA
TATCAAATATTAATGAAAGACATATTCAAACCACACCAAATAAAAACATAATGATATAAAATAGATACCATAACTTTTTTTATTTTT
TTATACATATATATGCATATGATGCAAATGACGAATCATCAAATATATTATTCCCACGATTTCGTATTAATTGACTTGTGAGGCAA
CAATATAAATTTGTTATAAAAAATATTTGTGAATAATATTTAAATCATATTCATTATTATTCTCTGTAAAATCATAAATATAACTTT
CCTATAAAATGTCAAATTTTACTAAAGAAAAGGACAAATATGAAGGGGAAAAAATTCAACATCCATTTTGAACTTTAAATTCAATTA
TTTGAACATTGAAAATGTCCCAAAATTTTCAATTAACTAAAATAGAGGAAGTAATATAAATTTGTTGCTTTTATTAGCAAGGAATAT
ATATATATATATATATATATATATATATATAATATATATATATATATATATAATATATATATATATATATATATATATATCACAAAGT
CCAAAGATATAACAAAGATAAACCAAATAATTGAACAAAATAAGAGGGATACTTGCAAATTTCTTGGAATTCATGAAGATATTATCA
AGTTCTATGTATTACATATCTTATATATTGCTGAGTATCAAGAAATATATCATGGTGCACCAAGTCATATATAGGGAAATGGAATTA
TATAAAGTTATATAAAGTTTGGCATTTATATACGTTTTATTTTTGTTCCTTATTGTGATAATATTATAATTTAATATAATACTCTTTA
GTTTAATTATAGCAAGTGAAACCTTAAATTAGTTCATTATCTAACTACATGCACTAAAACAATTTGTTACTTAAAAATTCTCATTCAC
CTATGATGTACTACTAGTGTGACTCCCTCCCTCCCTTTTTTGGGGAAAAATAAACTGCTGTTTTTCAGTTTCATACACATTCTATTC
TTTCATTCCAATACAAATAAATTATTTATTCACTCTTAGTGCTAGAATTAATGGAGTATTCATTTAAGTGAAAAATTCAAAAATGATG
GAAGAATATTTAGATAATTTATGTTTAAGAACATGATTGGCGTTAGTGTTAAACATTACTTATTTTTAGAAGTATATATTATTTAAAA
AACTTTTCAGGAAAATGCTTTTAGAAAAAAAAACATTAGGTGCTTAGTTAATTAATTTGAAACCACTTTCGATAAGAAGACTGTGGTT
GACTATCTTAAAAAAAAGTGTTTCAAGAATTAATCATGAAAAATGACAAATATTAATGTATTTTTTAATATTAAAATTATTTTATATAT
TTATAATAAAATTTCAATTGAATTTTTATCTTTATTACATAAATATATATATATATATATTTAAATATTTATACAGAGATAAATAAAGAA
AAAAATATATCGATATATAATATTAACATGATGATTTTAACTATAGTTAATAAAATCAAGCAAAATAATCATTCCAAAAATTAAATAACT
ATGGAAAATTCACCACAAATATAAATATTATAAGGAATATATTAATAAATATGTACATATTGATGGGATATTTTTTTTTTCAAGGAGCA
GAATTTTTTAGTTTTTTTTTCAAAAACAAAAAAATGTTTCTAATTCCACTAAAAGACAATTTACTAATTAACCAAGCACCTTAATTCTTC
AAAATAAGTGATTTTCCCCCCTTAAAGTAAGAATATTTTACCTCCAGCAACAATAGAATATTTTACCTCCAGCAACAATATCAAACAAGC
TCCTAAACATTTTTATTGATAGTATACAGAGAGAAAATAAGAAGAGGAAAATTACAAGAGAGATAAAGATAATGTGGAATTAACTGAGG
TATATAGTAGACAAATTCTATAGAGTTTGATAATTATATAGTAATTATTTACTGTCTAGTATATTGAAAGAAATTTTCTTAATAAATGTA
TATATTCAAAATTTGAATTAGCAAAAAATGTGGAAGCTAAGAACGTACTATATATAAGCCATATTAATTAGGGCAGTGAAAGACGCACAA
ATTAAATGCATATTTGAACTACTACAAAATAAAATTTCCATAAATTATACAAGTCATTTTATGGCTACATTTGAATTAAGTAGTTTATTGT
AAAATAAAATAAAATAAAAATTTGAGAAATACTTTGATTCATACCAAACACACTTTTTTGTTGTAGAATATTGTAAGAATGGGAAGCAGCT
AGATTTGGTCCCCATTATTAAGATTTAGCAAGATACTGCTTTCAAAATCCTCTATGCACATACTTTTTAGATCCTCTTCTCACCATATCAAA
TTCAAGAAAATTTCACACACCTACTTGCCATTTTTAACAAAACATTCCACTATTTAATATTCCTTCCGTTCAATATCAATTGATCATTATACT
AAAAGTAATTATTTTAAATAAATTGTCCACCTTACTAAATCAAGAAAGCATTAATTAAAATTTTTCTATATTAACCTTGAAAAGTTAATTCTT
TCTGAAAATATATCCCTAAAAATTATCTTCTTATTTATGATATCTGAAACACTATGCAAAATAAAAAGTGATAAACTAATATGAAACAAAAAA
AATATTTATCCACACTTTCTTTATGAGCACATTATCTGTTCTTTAATAATTAAAAAGAAAAGAAAATGAGGATCTGAGAAAACAGTATTAATA
TTGTTATTGATATAATACATGCATGAATGAAAAGGAGAGGATTTAGCTTTTTAGATCACTTATAATTTTCTTTTCTTTTTTTTGTTTTATAGC
CTTTTTATAATAGTTTTTTATTTTGTTTTTGTTTTATAGTCTTTTTATAATAAAAATTTTATTTTTATGTATCCGAAAAAAGTATTTTATTGGG
AAAACGACATTTTTAGTCCCTGTGTTAAGACTATATCTTATTTTAGTTCTCGTGTTATCTAACTTAGCATTATTGACCTTCAATTATATTAAGT
AAGTGATTTTAATCTTTCAACTTACAAATTTATAGAAAATTAACAGACCGCTAAAAGGGATAGTTTAGATACTTTTTTTTTATTTTCTCTCTTG
AAGAACAAGCTAAGTCTTCTTTATCTTTATCTAGAAGAACAAGCCCATTGATTTGAGCTACAAATTCAACAAAACCAATTTTATAGGCATTAAC
CCTCCCTCTCACACCGACGAACGATAAGATATGCAACGAATAATTTTTTTAAAAAAAATTCCATTTTCACAAGCAATAACTTTTAAATACCCGA
ATTATCTCTTTTAGCAGTGAACTCTCTGTTAATTTTTTTGAATCTGTTAGTTGAAGGAATAAAATTACTCACTTGATATAATTAAAAATTAATA
GTGTTAAATTAAATAACACAAAAACTAAAATAAAAAATTAACCTTTAACACAAGAATTAAAAAATATCATTTTATCTATTTTATTTTATTCATTT
TATAAGTAATCAAGAAATATTAATTTCCACAGAATTTGGGTAATGGAAGCAAAATATGAGATGGCCAAATATCATGTGTGACACAACCTTTTG
ATTTTAGTTTTAATTTTGGTGATTCCTTGCCTTAATTAAACACAACCCCCCACTAGTTCAAAATCTTTTTTTCATCTTCCCAAGAAATTCCAAG
AATCTTTCTTTTCCTTTAAATACCCCCCACAAACTATATTGCTTTTTTTTCTCTCTACACTTTGATTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTCTTATT
GCACCTCTTATTCTTATTTGTGCCTTATT

[GelBandIt]

So, are you trying to characterize the regulatory region of this gene?

It is difficult to say where exactly the enhancers and repressors are without a lot of testing - nobody has published this info yet?

I've seen everything from a few hundred BP upstream up to 10+kb regions upstream of the transcription start site used as regulatory regions to drive a transgene. In some cases, such regulatory regions even include the first part of the coding region of the gene, albeit with a mutated start codon, and/or the first intron.